Die klassische Distanz im Marathon beträgt 42 Kilometer, daran orientiert sich auch der Bodensee-Kanu-Marathon.
Diese Strecke ist für geübte Kanuten jeden Alters zu bewältigen. (Ehemalige) Kanurennsportler und ambitionierte Tourenfahrer finden im Marathon (Wettfahrt über 42 km) eine Klasse, in der sie sich mit ihresgleichen messen können.

Der Start erfolgt als Massenstart.
Die Wertung erfolgt nach Zeit für die zurückgelegte Strecke.
Der/die Schnellste gewinnt.

Für diejenigen, denen 42 Kilometer zu lang sind oder die sich nicht ganz so sportlich messen wollen, gibt es eine Halbmarathon über 21 km.